Работа в двух организациях разных городов

Здравствуйте, Юлия

Трудовое законодательство никак не ограничивает право работника работать у нескольких работодателей, даже находящихся в разных населенных пунктах. Главное соблюдать условия:
- только одна работа должна быть основной, где у работодателя должна храниться трудовая книжка;
- вторая работа должна быть по совместительству, т. е. время работы в неделю не может превышать половину нормы времени для нормальной продолжительности рабочего времени - т. е. не более 20 часов в неделю.
Если вам удастся совместить две работы по времени - работайте себе на здоровье.

в одном городе по приказу временно на время отпуска сотрудника, а в другом городе- по трудовому договору на короткий срок?

нет таких понятий "по приказу", "по трудовому договору на короткий срок". Любые трудовые отношения требуют оформления трудовым договором, приказом. И даже если они не оформлены как положено, главной является суть трудовых отношений и соблюдение ограничений, установленных законом.