НДС при покупке муниципального имущества

Здравствуйте! ООО на ОСНО приобрело на аукционе муниципальное имущество (нежилое помещение). На электронной площадке был выложен проект договора купли-продажи (там было прописана начальная сумма и в т. ч. НДС-20%). Договор купли продажи был заключен на сумму с учетом НДС-20%. Оплачена была сумма также согласно договора сумма в т. ч. НДС-20%. Продавец (Администрация) выставили счет-фактуру (на сумму по договору в т. ч. НДС-20%). А потом Администрация заявила что они не являются плательщиками НДС и отчитываться по НДС и оплачивать его они не будут. Предлагают откорректировать все документы и написать что оплаченная сумма без НДС. И теперь получается что сумму НДС мы дополнительно должны будем сами платить? Это вообще правильно? Предложили Администрации вернуть нам сумму НДС, чтобы мы ее сами оплатил в бюджет, они отказываются. Сумма НДС миллионная, почему мы дополнительно должны её оплачивать, если на руках у нас все документы с НДС.