НДС порядок уплаты и восстановления

Добрый день, меня зовут Наталья . бухгалтер строительной фирмы.

Ситуация:

Мы оплатили аванс по договору СМР 12 млн. 03.06.2023 по Кн Покупок 2 кв. взяли к возмещению НДС 2 млн. еще мы отгрузили поставщику материалы на 4500000 (Ндс с отгрузки включили в Кн покупок)

получили КС-3 по выполненным работам 10.09.2023 на сумму 8000000 рублей (выполнены пока не все работы) . В КС-3 расписано так:

Итого выполнено работ =8000000

зачет аванса =3500000

зачет по материалам =4500000

к оплате =0

Исходя из КС-3 мы должны восстановить НДС в кн продаж с 3500000? или не обращая внимания на зачет расписанный в кс3 с 8000000?

Заранее скажу что это ситуация нашего заказчика, у нас с ними спор по возмещению и восстановлению НДС