Отказ в возмещении НДС

Наша организация по камеральной проверке не предоставила счет- фактуры в количестве 5 штук (халатность бухгалтера) Спохватились спустя 3 недели. Что ожидать в данной ситуации? Могут ли отказать в возмещении НДС? У Контрагента по встречке налоговая запросила эти документы, они их предоставили.