Контрагент заплатил на счет, не указанный в договоре

Здравствуйте, Нина

Согласно ч. 1 ст. 312 Гражданского кодекса РФ (ГК РФ) если иное не предусмотрено соглашением сторон и не вытекает из обычаев или существа обязательства, должник вправе при исполнении обязательства потребовать доказательств того, что исполнение принимается самим кредитором или управомоченным им на это лицом, и несет риск последствий непредъявления такого требования.

Также согласно статье 408 ГК РФ устанавливает, что надлежащее исполнение прекращает обязательство. 

Согласно ч. 1 ст. 312 ГК РФ для должника (плательщика) имеет значение только личность кредитора (надлежащее лицо). Если счет принадлежит самому кредитору, а это так, то исполнение обязательства окончено надлежащим исполнением, даже если по факту платеж осуществлен на другой счет (ст. 408 ГК РФ).
При этом стоит отметить, что при бухгалтерской отчетности имеет значение основание перевода, а также отчетные (закрывающие) бухгалтерские документы по сделке, а не банковский счет. Более того, налоговой видны все счета предпринимателя. 
Так что можете не беспокоится.