Увольнение сотрудника с недостачей

Материально ответственное лицо передаёт товар по накладной на другой склад внутри одной организации. Принимают товар комиссионо. При этом обнаруживается недостача. Кладовщик, который передаёт товар отказывается от недостачи. Как правильно оформить недостачу?

После передачи товара со склада на склад кладовщик пишет заявление на увольнение. В итоге мы имеем недостачу по накладным при передаче со склада на склад и недостачу при инвентаризации. Кладовщик от недостачи отказывается. Как правильно оформить документы?