Учет НДС

Добрый день!

Столкнулась с такой ситуацией : мы заключили госконтракт на выполнение комплекса ремонтных работ больницы , в контракте есть позиции медицинского оборудования , которое НДС не облагается . При заполнении формы КС-3 это оборудование выделяется отдельной строкой и соответственно сумма по НДС не бьется , когда я выписываю счет-фактуру по этому акту . Что делать ?