Счет-фактура на авансовый платеж

Здравствуйте, Ольга

Моментом определения налоговой базы для целей исчисления НДС является либо день отгрузки (передачи) товаров (работ, услуг), имущественных прав, либо день оплаты частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав – пункт 1 статьи 167 НК РФ. Если поступает предоплата, а потом происходит отгрузка товара, то момент определения налоговый базы возникает и в первом и во втором случае – пункт 14 статьи 167 НК РФ. Счет-фактура должен быть выставлен не позднее пяти дней со дня отгрузки товаров или со дня получения оплаты, частичной оплаты в счет предстоящих поставок товаров (выполнения работ, оказания услуг), передачи имущественных прав – пункт 3 статьи 168 НК РФ.

В вашем случае, вы выставляете счёт-фактуру на аванс на основании платежного поручения, а зачёт в книге покупок делаете на сумму отгрузки.  
Покупатель отражает у себя в книге покупок счёт-фактуру на 400000, счёт-фактуру на покупку , а в книге продаж на сумму покупки восстанавливает НДС.

В соответствии с п. 1 ст. 167 НК РФ моментом определения налоговой базы по НДС является одна из более ранних дат: оплаты или отгрузки.

Оплата произошла 29.06.2020. На эту сумму Вы должны выставить счет-фактуру на аванс на 400 тыс. На 387 тыс. у Вас нет платежного документа, значит на эту сумму нет основания выставлять счет-фактуру на аванс (п 5.1 ст. 169 НК РФ)

30.06.2020 произошла отгрузка. Выставлен обычный счет-фактура. Часть авансового НДС им закрылась. У покупателя это отражается аналогично, только на входной НДС.