Аренда госимущества и оплата НДС

Наша организация ООО при УСН заключила договор на аренду госимущества. По договору аренды мы являемся налоговыми агентами по перечислению НДС. Такой вопрос: мы начисляем НДС и перечисляем его с той суммы, что перечислили учреждению за аренду. У нас возникла задолженность по аренде перед учреждением и соответственно неначислен и не перечислен НДС. Налоговая полагает, что независимо от оплаты аренды, мы должны были оплатить НДС, согласно договору аренды. С уважением, бухгалтер Тамара Николаевна