Оплата НДС по договору аренды муниципального имущества

У организации, применяющей упрощенную систему налогообложения (доходы минус расходы), заключен договор аренды муниципального имущества с администрацией района: котельные, офис, автомобиль. В двух договорах оговаривается сумма арендной платы без учета НДС, в одном с учетом НДС, далее сумма разбивается без учета НДС и сам НДС. В договорах оговаривается, что сумму НДС арендатор уплачивает самостоятельно в соответствии с налоговым законодательством. Организация платила администрации арендную плату по двум договорам сумму без учета НДС , а по третьему договору полностью с НДС. Счетов от администрация района не выставляла, ссылаясь на то, что мы должны платить по договору.

Поясните пожалуйста: Должна ли организация платить НДС? И если должна, то что делать если НДС не уплачивался?

Спасибо!