Переплата НДС

Добрый день!

Просьба помочь советом в данной ситуации.

Мы ООО на УСН заключили договор на оказание услуг с заказчиком с выделением НДС (по его инициативе).

Получили аванс, выписали в строну заказчика авансовый счет- фактуру, уплатили НДС согласно счет- фактуре и сдали декларацию по НДС.

Спустя какое- то время работы по договору были завершены.

И вот тут вопрос.

Насколько я понимаю, сейчас мы также будем обязаны выставить заказчику счет- фактуру на всю сумму договора (просьба заказчика) и уплатить НДС уже со всей суммы.

Получается платим НДС фактически 2 раза.

Вопрос: какие варианты есть в данной ситуации, чтобы не переплачивать по НДС?